公立の中高一貫教育校は、1999年施行の改正学校教育法で認められ、文部科学省が主体となって全面的に推し進めスタートさせました。1999年の初年度には宮崎県で県立五ヶ瀬中等教育学校が設立され、以後、全国に続々と公立中高一貫校が誕生しました。
最近の公立中高一貫校の全国の数の推移は以下の通りです。10年で160校以上の公立中高一貫校が設立されました。
2003年度 80校
2004年度 107校
2005年度 120校
2006年度 132校
2007年度 149校
2008年度 158校
2009年度 168校
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